南化建将科技创新和管理创新作为近年转型发展的核心战略，2015年成立公司级工程技术中心，先后被认定为江苏省建筑业企业技术中心、江苏省石化智慧焊接工程技术研究中心两个省级技术中心，以及南京市石油化工成套装备系统工程技术研究中心、南京市石化信息化工程研究中心等多个市级技术中心，全面负责技术研发规划、新产品开发、项目论证、产学研合作、行业研究、成果推广及科技人才培养激励等研发工作。拥有焊接机器人(六轴机器人）、管道全位置自动焊机、数控等离子切割机、激光对中仪、手持式荧光分析仪等，研发、验证和分析测试仪器设备数百台。

公司已与南京航空航天大学、常州大学、南京工业大学、南京师范大学、大连理工大学、江苏省特种设备安全监督检验研究院等多家单位联合承担开发项目，成立南京航空航天大学共建系统工程开发中心、南京工业大学共建储能技术研究开发中心、南京师范大学共建石化信息化工程研究中心、常州大学共建创新技术中心，以及常州大学研究生工作站(江苏省级研究生工作站)。建立有南京市级博士后创新实践基地、江苏省双创人才“科技副总”等。

联合中国科学院合肥智能机械研究所，开展了基于视觉识别的焊接技术研究工作合作，获化工建设“十三五”科技创新成果奖”；联合常州大学研制大型储罐高强钢自动焊接的焊材国产化研究，焊接效果好，获得多项发明专利。